土壤污染的主要危害有导致农作物减产和农产品品质降低；污染地下水和地表水；影响大气环境质量；危害人体健康。

在土壤中的一些长期存活的植物病原体严重危害植物，造成农作物死亡、减产;土壤污染会渗透到地下水和地表水，造成地下水和地表水的污染;土壤污染还会通过被污染的农作物和地表水间接的危害人体健康，人类食用被污染的植物和水，这些有害物质就会进入人体，长期存积不易分解，损害内脏机能等。